A Transformers War for Cybertron a címéből adódóan a egy háborút mutat ba, méghozzá a Cybertronért folytatott háborút, amely olyan brutális pusztítással járt, hogy a bolygót el kellett hagyni. A történetet egyébként átélhetjük az Autobotok, valamint az Álcák szemszögéből is, így egy remek szavatossággal bíró külsőnézetes-lövöldét (TPS) kapunk.